Акциядорлик Тижорат "Пахта Банк" аслида агросаноат (Ўздеҳқонсаноат) банки негизида ташкил этилган.

 1988 йил 1 январдан бошлаб, собиқ СССР Агросаноат Банкининг Ўзбекистон Республика банкини ташкил қилиш тўғрисида Иттифоқ Агросаноатбанкининг Ўзбекистон Республикаси Банки Бошқарув Раиси этиб, Давлат Банкининг Ўзбекистон Республикаси Идорасида Бошқарувчи ўринбосари бўлиб ишлаётган Эркин Жўраевич Боқибоев тайинланди.

 1988 йил собиқ СССР Агросаноат Банкининг Ўзбекистон Республикаси Банки Қорақалпоғистон Республикаси, 12 та вилоят ва 155 та шаҳар, туман филиалларидан иборат тармоқлар билан ташкил қилинди. 1990 йил 18 июль.

 "СССР Агросаноатбанкининг Ўзбекистон Республикаси Банки"ни "Акционерлик тижорат ЎЗбекистон Банки"га айлантириш тўғрисида Собиқ Иттифоқ Министрлар Советининг 703-қарори эълон қилинди.

 1991 йил 24 май. Таъсисчиларнинг 1чи йиғилиши ўтказилиб, унда Иттифоқ Агросаноат Банкидан ажралиб чиққан ҳолда 100 млн. сўмлик Устав Капитали билан ёпиқ турдаги Акционерлик Жамияти шаклида мустақил Ўзбекистон "Ўздеҳқонсаноатбанки Акционерлик тижорат Банки"ни ташкил этиш тўғрисидаги қарор қабул қилинди. Банк Бошқаруви Раиси Абдурафиқ Аҳадович Аҳадов сайланди.

 1992 йил "Ўздеҳқонсаноатбанк"ига Ўзбекистон Республикаси Марказий Банки томонидан чет эл валюталарида амалга ошириш учун Бош лицензия берилди.

 1993 йил мамлакатимизда 1чи марта Ўздеҳқонсаноатбанки томонидан Туркия "Зироат Банкаси" билан биргаликда "ЎТ Банк - Ўзбекистон - Туркия қўшма банки таъсис этилди.

 Банк томонидан "Инвестиция воситачиси" лицензияси олинди ва "Тошкент" Республика фонд биржасининг 001-сонли брокерлик идораси очилди.

 1994 йил "Ўздеҳқонсаноатбанк"и очиқ турдаги Акциядорлик жамиятига айлантирилди ва ридик ҳамда жисмоний шахсларнинг чекланмаган доираси ўртасида жойлаштириш учун мўлжалланган умумий миқдори 100 млн. сўмлик, ҳар бирининг номинал қиймати минг сўмдан иборат акциялапр чиқарилди. 

 1995 йил 21 апрелда Республика Вазирлар Маҳкамасининг қарорига мувофиқ Акционерлик тижорат деҳқончилик саноат банки Бошқарувига Раис этиб Жамшед Бадриддинович Сайфиддинов тайинланди ва кўп ўтмай таъсис мажлисида ҳам сайланди.

 1995 йил августида молиявий, мулкий ва бошқа мажбуриятлар ҳамда талаблар бўйича "Ўздеҳқонсаноатбанки"нинг ягона ҳуқуқий вориси саналган универсал шаклдаги Акционерлик тижорат "Пахта Банк" ташкил топди. 200 млн. сўм миқдорида акцияларнинг II эмиссияси проспекти давлат рўйхатидан ўтказилди ва устав капитали 300 млн. сўмга етди.

 1996 йилда Банк акцияларининг 1200 млн. сўм миқдоридаги III эмиссия проспекти давлат рўйхатидан ўтказилиб, Устав капитали 1500 млн. сўмга етказилди. Банкка давлат қисқа муддатли облигациялари бўйича Ўзбекистон Республикаси Марказий Банкининг расмий ва ваколатли бирламчи дилери мақоми берилди.

 1997 йил августда Вазирлар Маҳкамасининг 411-қарори билан Ихтисослаштирилган Акционерлик тижорат "Пахта Банк" Бошқаувининг Раиси этиб Қобилжон Фаттоҳович Тошматов тасдиқланди. 

 "Пахта Банк" SWIFT жаҳон банклараро молиявий телекоммуникациялар ҳамжамияти аъзолигига қабул қилинди. 1000 млн. сўм миқдорида акцияларнинг IVчи эмиссияси чиқарилди.

 1998 йил 14 октябрда Ўзбекистон Республикаси Вазирлар Маҳкамасининг 439-сонли қарорига биноан яна Жамшед Бадриддинович Сайфиддинов Ихтисослаштирилган Акционерлик тижорат "Пахта Банк" Бошқарувининг Раиси вазифасига тасдиқланди.

 "Пахта Банк" Осиё тинч Океани қишлоқ хўжалигини кредитлаш Ассоциацияси (АПРАКА)га аъзо бўлди.

 1998 йил эълон қилинган устав капитали 6400 млн. сўмга қадар етказилди. Банкнинг фонд бозоридаги фаолиятини кенгайтириш мақсадида "Пахта-Инвест" Бошқаруви компанияси ва "Пахта-Сервис" Депозитарийси шўъба корхоналари таъсис этилди.

 1999 йилда "Пахта Банк" қишлоқ хўжалигини кредитлаш Халқаро Конфедерацияси (КИКА)нинг тенг ҳуқуқли аъзолигига киритилди. "Пахта Банк" ташкилий инфратузилмаси халқаро андозалар даражасида қайта шакллантирилди ва корпоратив Бошқарув тизимига ўтди.

 1999 йилда Банкка Ўзбекистон Республикаси ташқи иқтисодий фаолият Миллий банки орқали Германия "KFW" банкининг 1750 минг Евро миқдорида кредит йўналиши очилди. 

 2000 йил "Пахта Банк" Томсон Файненшиал Бенк Вотч халқаро рейтинг компаниясининг халқаро баҳосига сазовор бўлди. 

 2000 йилда Банкнинг биринчи кредит сиёсати, инвестиция ва кадрлар сиёсатлари ишлаб чиқилиб, Банк Бошқаруви ва Кенгашида тасдиқдан ўтказилди.

 2001 йилда "Пахта Банк" пластик карточкаси жорий қилинди.

Ўзбекистон Республикаси Вазирлар Маҳкамасининг 2001 йил 29 июндаги 282-қарорига биноан Қобилжон Фаттоҳович Тошматов Акционерлик Тижорат "Пахта Банк" Бошқаруви Раиси лавозимига қайта тайинланди.

 2001 йилда Давлатлараро имзоланган Меморандумга асосан Хитой Халқ Республикаси Эксим Банкининг кредит линияси очилди.

 2003 ва 2004 йилларда “Пахта Банк” Буюк Британияда чоп этиладиган халқаро “The Banker” журнали ҳамда “FT Buisness-Financial times” газетаси томонидан Ўзбекистоннинг энг яхши банки деб эътироф этилди.